Com vestígios que remontam ao Neolítico, o Concelho de Mértola apresenta, actualmente, sítios arqueológicos que nos permitem regressar ao passado sem a ajuda da máquina do tempo.

As escavações arqueológicas iniciadas em finais da década de setenta e as informações recolhidas no início do século pelo arqueólogo Estácio da Veiga deram a conhecer uma Mértola bem mais antiga do que as fontes escritas testemunhavam. Edifícios de grande monumentalidade permitem que qualquer visitante identifique a presença dos romanos na então Mirtilis e na Mina de S. Domingos. Apesar da concentração de vestígios na Vila de Mértola (Criptopórtico, Torre Couraça, casa romana e vias romanas), podem também encontrar-se vestígios de menor dimensão em todo o Concelho.

Com a adopção do catolicismo pelos romanos, os cidadãos de Mértola acompanharam os sinais de mudança, facto testemunhado pelos vestígios arqueológicos representativos de locais de culto e enterramento na cidade (basílicas Paleocristãs do Rossio do Carmo e da Alcáçova onde se observa um baptistério octogonal).

Na Torre de Menagem do Castelo encontram-se expostas um conjunto de materiais arquitectónicos, dos Sécs. VI a IX, que atestam a presença dos visigodos neste território, onde se destaca colunas e pilastras recolhidas um pouco por todo o Concelho.

Com a invasão dos povos do Norte de África, liderados por Tarik em 711, Mértola ganha uma nova dinâmica, passando a ser o porto mais Ocidental do Mediterrâneo. A excepcional posição geográfica no último troço navegável do Guadiana será determinante para o crescimento e apogeu de Martulah. A cidade cresce e sobre o antigo Forúm romano é edificado um bairro almoada onde, depois de vinte anos de escavações, é possível identificar com clareza as habitações com os seus vários compartimentos, os tradicionais pátios centrais das casas árabes e as ruas. Tendo sido este, o período de maior dinamismo da urbe, Mértola apresenta hoje no Museu de Mértola um núcleo de Arte Islâmica, o que de mais representativo se pode conhecer dessa época.

Com a conquista do território de Mértola em 1238, no reinado de D. Sancho II, a posterior doação aos Cavaleiros da Ordem de Santiago, a Vila e todo o seu território perde importância. O Comércio com o Mediterrâneo perde fulgor e pouco a pouco a Vila começa a fechar-se sobre si própria.

D. Manuel I dá Foral a Mértola em 1512, sendo este século e o seguinte momentos de alguma retoma da antiga importância do porto de Mértola, donde partiam os cereais para abastecer as praças portuguesas do norte de África.

No final do século XIX, com a descoberta do filão mineiro em S. Domingos o Concelho, em especial a margem esquerda do Guadiana conhece uma nova época de prosperidade, caracterizada principalmente por um acentuado crescimento demográfico. Em finais da década de cinquenta e à medida que a exploração mineira diminuía a crise social e económica instala-se nos que dependiam directamente e indirectamente da Mina. Em 1965 a Mina encerra definitivamente e a depressão económica assola centenas de famílias, que para assegurarem a sua sobrevivência são obrigadas a ir para a zona da grande Lisboa e estrangeiro.

 Entre 1961 e 1971 o Concelho de Mértola perde mais de 50% da sua população.

 Após o 25 de Abril de 1974 o número de habitantes continuou a decrescer, principalmente devido à emigração para os países do centro da Europa.

 Nos anos oitenta a Vila de Mértola começou através da arqueologia a descobrir e a conhecer melhor o seu passado e a transformar esse imenso património em factor de desenvolvimento económico e cultural.

 Neste momento, o Concelho de Mértola enfrenta problemas semelhantes a muitos municípios do interior como uma elevada taxa de analfabetismo, população envelhecida e reduzida dinâmica económica, factores que a Câmara Municipal de Mértola está empenhada em alterar, nomeadamente através da criação de estruturas de apoio aos mais idosos e incentivos económicos a todos que pretendam fixar-se no concelho.

 Aliado a um extenso património cultural, o Concelho de Mértola possui uma riqueza ambiental, cinegética, cultural e desportiva que constituirá a médio prazo um motor de revitalização da economia local, através da aposta num turismo sustentado em que as entidades locais participem activamente.